إلا أن من أهم المشاكـل والعقبـات التي تواجه نظام عـرض ودفع الفواتــيــــر المركـزي “سداد”، هي الصعوبـات والتحـديـات في عمليـة إدراج الـمفوتـريــــن للاستفادة مـن الخـدمـات التي يـقـدمـهــا الــنــظـــام، بـسبـب الـمـتـطـلـبـــات والاشـتـراطـات العـالـيـة التي يلزم توفيرها من المنشـأة لإنجاح عملية الربـط، بالإضافة الى توفير المتطلبات التقنية للتشغيل والصيانة للأنظمة بشكـــل مستمر، حيث يلزم على المنشأة توفير الأدوات والأنظمة التقنية المتطورة، وتوفير بنية تحتية متكاملة لخوادم الاستضافة عالية المستوى وفريق تقني مختص، بالإضافــة الى أن عـمـليـات الـربـط المبـاشـر مع نظـام سداد تـسـتـهـلـك وقـت طـويـــل وتـكــالـيـف عـالـيـة عـلـى الـمـنشـــأة، وهـو مـا لا يـتـوفـــر عنـد الكــثـيـــــر مــــــن المنشـآت لصعوبة توفير الإمكانات التقنية المطلوبة للاستفـادة من نظـــام الــدفع المـركـــزي لـعرض الفواتير واسـتـقــبــال الدفعـات مــــن خـــلال نـــظــــام سداد للــمــدفوعـــات. وهذا ما أنعكــس بشكــل كــبير على عدد المفَوتِرين الحاليين الـمـسـتـفـيـديـن مـن نـظــام والـذي يشـكــل غـالـبـيـتـهـم من الجهـــات الحـكـومـيـة والمنشـآت الكـبيرة فـي الـقـطـاع الخـاص مثل (قطـاع البـنـــوك – . قطـاع الاتـصـالات – قطـاع التـأمـيـن…. الخ)